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2024
Proteome-wide non-cleavable crosslink identification with MS Annika 3.0 reveals the structure of the C. elegans Box C/D complex
Birklbauer, M. J., Müller, F., Geetha, S. S., Matzinger, M., Mechtler, K. & Dorfer, V., 19 Dez. 2024, in: Communications Chemistry. 7, 1, 300.Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung
Open Access -
2023
MS Ana: Improving Sensitivity in Peptide Identification with Spectral Library Search
Dorl, S., Winkler, S., Mechtler, K. & Dorfer, V., 3 Feb. 2023, in: Journal of Proteome Research. 22, 2, S. 462-470 9 S.Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung
Open Access5 Zitate (Scopus) -
MS Annika 2.0 Identifies Cross-Linked Peptides in MS2–MS3-Based Workflows at High Sensitivity and Specificity
Birklbauer, M. J., Matzinger, M., Müller, F., Mechtler, K. & Dorfer, V., 1 Sep. 2023, in: Journal of Proteome Research. 22, 9, S. 3009-3021 13 S.Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung
Open Access3 Zitate (Scopus) -
2021
MS Amanda 2.0: Advancements in the standalone implementation
Dorfer, V., Strobl, M., Winkler, S. & Mechtler, K., 15 Juni 2021, in: Rapid Communications in Mass Spectrometry. 35, 11, e9088.Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung
Open Access15 Zitate (Scopus) -
MS Annika: A New Cross-Linking Search Engine
Pirklbauer, G. J., Stieger, C. E., Matzinger, M., Winkler, S., Mechtler, K. & Dorfer, V., 7 Mai 2021, in: Journal of Proteome Research. 20, 5, S. 2560-2569 10 S.Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung
Open Access21 Zitate (Scopus) -
The European Bioinformatics Community for Mass Spectrometry (EuBIC-MS): an open community for bioinformatics training and research
Bittremieux, W., Bouyssié, D., Dorfer, V., Locard-Paulet, M., Perez-Riverol, Y., Schwämmle, V., Uszkoreit, J. & Van Den Bossche, T., 16 Apr. 2021, in: Rapid Communications in Mass Spectrometry.Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung
2 Zitate (Scopus) -
Universal Spectrum Explorer: A Standalone (Web-)Application for Cross-Resource Spectrum Comparison
Schmidt, T., Samaras, P., Dorfer, V., Panse, C., Kockmann, T., Bichmann, L., Van Puyvelde, B., Perez-Riverol, Y., Deutsch, E. W., Kuster, B. & Wilhelm, M., 4 Juni 2021, in: Journal of Proteome Research. 20, 6, S. 3388-3394 7 S.Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung
21 Zitate (Scopus) -
2020
Proceedings of the EuBIC-MS 2020 Developers’ Meeting
Ashwood, C., Bittremieux, W., Deutsch, E. W., Doncheva, N. T., Dorfer, V., Gabriels, R., Gorshkov, V., Gupta, S., Jones, A. R., Käll, L., Kopczynski, D., Lane, L., Lautenbacher, L., Legeay, M., Locard-Paulet, M., Mesuere, B., Perez-Riverol, Y., Netz, E., Pfeuffer, J. & Sachsenberg, T. &13 mehr, , Dez. 2020, in: EuPA Open Proteomics. 24, S. 1-6 6 S.Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung
Open Access6 Zitate (Scopus) -
2019
Proceedings of the EuBIC Winter School 2019
Kopczynski, D., Bittremieux, W., Bouyssié, D., Dorfer, V., Locard-Paulet, M., Van Puyvelde, B., Schwämmle, V., Soggiu, A., Willems, S. & Uszkoreit, J., März 2019, in: EuPA Open Proteomics. 22-23, S. 4-7 4 S.Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung
Open Access2 Zitate (Scopus) -
2018
CharmeRT: Boosting Peptide Identifications by Chimeric Spectra Identification and Retention Time Prediction
Dorfer, V., Maltsev, S., Winkler, S. & Mechtler, K., 3 Aug. 2018, in: Journal of Proteome Research. 17, 8, S. 2581-2589 9 S.Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung
Open Access49 Zitate (Scopus) -
PhoStar: Identifying Tandem Mass Spectra of Phosphorylated Peptides before Database Search
Dorl, S., Winkler, S., Mechtler, K. & Dorfer, V., 5 Jän. 2018, in: Journal of Proteome Research. 17, 1, S. 290-295 6 S.Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung
8 Zitate (Scopus) -
Proceedings of the EuBIC developer's meeting 2018
Willems, S., Bouyssie, D., Deforce, D., Dorfer, V., Gorshkov, V., Kopczynski, D., Laukens, K., Locard-Paulet, M., Schwämmle, V., Uszkoreit, J., Valkenborg, D., Vaudel, M. & Bittremieux, W., 15 Sep. 2018, in: Journal of Proteomics. 187, S. 25-27 3 S.Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung
5 Zitate (Scopus) -
2017
Proceedings of the EuBIC Winter School 2017
Willems, S., Bouyssie, D., David, M., Locard-Paulet, M., Mechtler, K., Schwämmle, V., Uszkoreit, J., Vaudel, M. & Dorfer, V., 24 Mai 2017, in: Journal of Proteomics. 161, S. 78-80 3 S.Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung
9 Zitate (Scopus) -
2016
Single Molecule Fluorescence Microscopy and Machine Learning for Rhesus D Antigen Classification
Borgmann, D. M., Mayr, S., Polin, H., Schaller, S., Dorfer, V., Obritzberger, L., Endmayr, T., Gabriel, C., Winkler, S. & Jacak, J., 1 Sep. 2016, in: Scientific Reports. 6, 32317, 32317.Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel
Open Access8 Zitate (Scopus) -
2015
Data-based prediction of sentiments using heterogeneous model ensembles
Winkler, S., Schaller, S., Dorfer, V., Affenzeller, M., Petz, G. & Karpowicz, M. J., 1 Dez. 2015, in: Soft Computing. 19, 12, S. 3401-3412 12 S.Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung
19 Zitate (Scopus) -
Identification and classification of objects and motions in microscopy images of biological samples using heuristic algorithms
Winkler, S., Schaller, S., Borgmann, D. M., Dorfer, V., Affenzeller, M., Jacak, J., Redl, H. & Weghuber, J., 2015, in: Studies in Computational Intelligence. 595, S. 103-117 15 S.Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung
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2014
MS Amanda, a Universal Identification Algorithm Optimized for High Accuracy Tandem Mass Spectra
Dorfer, V., Pichler, P., Stranzl, T., Stadlmann, J., Taus, T., Winkler, S. & Mechtler, K., 1 Aug. 2014, in: Journal of Proteome Research. 13, 8, S. 3679-3684 6 S.Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung
Open Access333 Zitate (Scopus) -
2013
On the use of estimated tumour marker classifications in tumour diagnosis prediction - A case study for breast cancer
Winkler, S., Affenzeller, M., Kronberger, G., Kommenda, M., Wagner, S., Dorfer, V., Jacak, W. & Stekel, H., 2013, in: International Journal of Simulation and Process Modelling. 8, 1, S. 29-41 13 S.Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung
4 Zitate (Scopus) -
2009
Improved homology-driven computational validation of protein-protein interactions motivated by the evolutionary gene duplication and divergence hypothesis
Frech, C., Kommenda, M., Dorfer, V., Kern, T., Hintner, H., Bauer, J. W. & Önder, K., 19 Jän. 2009, in: BMC Bioinformatics. 10, S. 21 18 S., 21.Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung
Open Access7 Zitate (Scopus)